بعد أن يتم تحويل أربع سلاحف نينجا بواسطة مادة غريبة غامضة، يكون من الواجب عليهم أن يخرجوا من بلاعات الصرف الصحي، لكي يدافعوا عن مدينتهم ضد قوى الشر من كلًا من الماضي والحاضر.