قصة الفيلم تدور حول جوهرة تدعى سيدة السماء، التي يحاول كايتو كيد سرقتها. هذه الجوهرة وضعها جيروكيشي عم سونوكو في أكبر منطاد في العالم متحديًا كيد بسرقتها. في نفس المنطاد يتواجد كل من،كونان إيدوجاوا، ران موري، كوغورو موري والبقية والذين يحضرون هناك بدعوة من سونوكو صديقة ران.

ولكن فجأة يختطف المنطاد من قبل جماعة إرهابية تدعى شامو-نيكو الحمراء التي سرقت أحد الأمراض البيولوجية ولا أحد يعرف أهدافها. فيشتد الصراع وتلتهب الأحداث وفي نهاية الأمر يكتشف سينشي كودو أن زعيم تلك العصابة علي هذا المنطاد، ولقد كان متنكرا علي شكل أحد المصابين بهذا المرض. وفي النهاية يتمكن من التغلب علية بمساعدة كايتو كيد.