تبدأ الأحداث بعد مرور 5 سنوات على نهاية السلسلة الأولى، حيث أصبح "بن تينيسون" مراهقاً في سن الـ 15.المهمة الأساسية: يعود "بن" لارتداء ساعة الأومنيتريكس بعد اختفاء جده "ماكس" في ظروف غامضة.الفريق الجديد: يشكل بن فريقاً ثلاثياً يضم ابنة عمه "جوين" (التي أصبحت تمتلك قوى سحرية متطورة) وعدوه السابق "كيفين ليفين".التهديد: يواجه الفريق جنساً فضائياً غازياً وخبيثاً يُعرف باسم "الديناليين" (Highbreed / DNAliens) يسعى لتدمير الأرض والمجرة.
تشتهر جزيرة كومي بطبيعتها الخلابة وشعابها المرجانية، كما تجذب الزوار بأسطورة القراصنتين آن بوني وماري ريد. أثناء زيارة كوغورو موري ورفاقه للجزيرة، تنتشر حمى البحث عن كنز مفقود، لكن الأمور تتعقد بعد وقوع جريمة غامضة. وبين مطاردة الكنز وتصاعد الفوضى، يسعى كونان لكشف الحقيقة وإحقاق العدالة.
تتمحور الأحداث حول ظهور دراجة نارية سوداء غامضة ومثيرة للمشاكل تُعرف باسم "Lucifer" (الفيلن/الملاك الساقط) في شوارع يوكوهاما وطوكيو. يتعاون كونان إيدوجاوا مع المفتشة المساعدة بشرطة كاناجاوا تشيهايا هاغيوارا (الملقبة بإلهة الرياح "Angel") لمحاولة كشف هوية الراكب الغامض ومعرفة دوافعه. تعيد هذه القضية إلى الأذهان ذكريات قديمة مرتبطة بشقيق تشيهايا الراحل (كينجي هاغيوارا) وزميله جينبي ماتسودا.
